Prehistorické nálezy odkryly již ranou přítomnost lidí v Egyptě. Už v době kamenné (paleolit), to znamená před více než deseti tisíci lety, sjednocené skupiny lovců a sběračů táhly přes oblast Nilského údolí. Ale pro pozdější osídlení a rozvoj kultur jsou velmi významné nálezy z neolitu (mladší doby kamenné). Jedná se o dobu prvních pevných osídlování a neolitickou revoluci historie Egypta: z lovců a sběračů se staly zemědělci a chovatelé dobytka. Vedle přestavby na zemědělskou produkci zůstával pouštní lov a rybolov na Nilu i nadále důležitou součástí obstarávání obživy. Lov se stal nakonec v historické době volnočasovou záležitostí společenské elity.
Důležitá naleziště a stupně kultury historie Egypta jsou v nilské deltě: Merimde (z doby 5200 – 4700 př.n.l.) a Buto (od 3500 př.n.l.), na severu Středního Egypta: Fayum (5300 – 4700 př.n.l.), El Omari A (4200 – 3900 př.n.l.), El Omari B (asi od 3500 př.n.l.), Ma’adi (asi od 3500 př.n.l.), ve Středním Egyptě: Badari A (6100 – 4500 př.n.l.), Badari B (4500 – 4000 př.n.l.), na severu Horního Egypta: Nakáda I (4500 – 3900 př.n.l.), Nakáda II (3900 – 3300 př.n.l.), Nakáda III (3300 – 3100 př.n.l.) a na jihu Horního Egypta Hierakonpolis (od asi 3500 př.n.l.).
Různé kultury se nepřekrývají jen chronologicky, ale také topograficky. Ale překrývání jedné kultury kvůli znakům jiné neznamená nutně politické nebo válečné podrobení jedné skupiny obyvatel druhou. Často je to také jednoduše rostoucí distribuce specifických kulturních statků, jako například určitých forem keramiky. Obzvlášť kultura Nakády III dominuje až do konce prehistorické fáze. V ní můžete najít rané formy pozdější faraónské kultury. Vycházíme z toho, že Egypt byl v průběhu pozdější předdynastické fáze od jihu kulturně i politicky sjednocen.
